副業従業員の労働時間をどう管理する?|2026年労基法改正の最新整理と実務対応

〜「通算管理」と「割増賃金の分離計算」を前提に、企業が迷わないための実務ガイド〜


「副業している社員の労働時間、どこまで把握すべき?」

「通算は必要と聞くけど、割増賃金は誰が払うのか分からない」

「本人申告に任せていて、本当に大丈夫なのか不安」

2026年に向けた労基法改正の流れの中で、副業・兼業を前提とした労働時間管理の考え方は、大きく整理されつつあります。

特に重要なのが、次の2点です。

  • 労働時間は「本業+副業」で通算して管理する
  • 割増賃金は、原則としてメイン・サブそれぞれの雇用先で計算・支払う方向

これにより、企業実務では次のような“ズレ”が起きやすくなっています。

  • 通算管理は必要だが、他社分の賃金までは分からない
  • 割増賃金の未払いリスクを、どこまで自社が負うのか不安
  • 本人申告が不十分な場合、責任の所在が曖昧になる

つまり、副業時代の労働時間管理は、「すべてを抱え込む」でも「本人任せ」でもなく、企業として合理的な管理ラインを設計することが求められます。

本記事では、2025年12月時点の最新整理を前提に、次の点を実務目線で解説します。

  • 副業者の労働時間管理が難しい理由
  • 企業が取るべき5つの実務対応
  • 労働時間通算の具体例と注意点
  • 本人が申告しない場合の企業責任
  • 副業管理でよくあるQ&A

副業者の管理が難しい理由


● 労働時間が把握できない

副業者管理で最大の課題は、副業先の労働時間が企業から見えないことです。

  • 副業先の勤怠システムが別
  • シフトが月ごとに変動
  • 深夜・休日勤務が多い

このため、本人申告がなければ、総労働時間の把握は実質不可能になります。

● 本人申告が不正確

実務では、次のようなズレが頻発します。

  • 副業時間を少なめに申告する
  • 申告そのものを忘れる
  • 深夜・休日の区別が曖昧

本人の感覚と実際の労働時間がズレるほど、通算管理・健康配慮の判断が難しくなります

● 割増計算の負担が増える

現在整理されている方向性では、

  • 労働時間:本業+副業で通算管理
  • 割増賃金:メイン・サブそれぞれで計算・支払い

という構造になります。

このため企業側は、

  • 自社の所定・法定時間の管理
  • 副業を含めた長時間・健康リスクの把握

という二層管理を行う必要があります。


企業が取るべき5つの実務対応


① 副業者の事前登録

まず必要なのは、「誰が副業しているか」を把握することです。

  • 副業の有無の申告
  • 副業内容・勤務先
  • 勤務時間帯(深夜・休日の有無)

事前登録がなければ、管理は始まりません。

② 月次労働時間申告フォーム

副業先の労働時間は、月次で本人申告を受けるのが実務的です。

  • 専用フォーム
  • アプリ入力
  • シフト表の写し提出

③ 自己申告の記録化

申告は「聞いた」だけでは不十分です。

  • デジタルで保存
  • 月次で履歴管理
  • 説明責任を果たせる状態にする

④ シフト作成時の配慮

副業者のシフトでは、次を必ず確認します。

  • 通算で週40時間を超えないか
  • 深夜副業翌日の勤務負荷
  • 法定休日・インターバルの確保

⑤ 36協定との関係整理

通算時間が長くなるほど、
36協定との整合性が問題になります。

自社の時間外が少なくても、副業を含めた長時間状態が続けば、健康配慮義務の観点で調整が必要になります。


労働時間通算の代表例


● 平日×深夜×休日が重なるケース

副業が深夜・休日に及ぶと、

  • 長時間労働
  • インターバル不足
  • 健康リスク

が一気に高まります。

● 所定労働時間との比較

所定8時間×5日=40時間。
ここに副業が加わるだけで、「通算時間外状態」になります。

● 休暇付与との関係

通算時間が多い従業員ほど、年休取得や休息確保の配慮が重要になります。


本人が申告しない場合の企業責任


● 指導義務

企業は、申告を求め続ける義務があります。

  • 定期的なリマインド
  • 書面での注意喚起

● 健康配慮

長時間が疑われる場合、

  • 面談
  • 勤務調整
  • 深夜・残業制限

が必要になります。

● 事故発生時の責任

副業中の事故は原則副業先の労災ですが、過重労働を放置していた場合、本業側の責任が問われるケースもあります。


副業者管理のQ&A


● 副業先へ直接確認できる?

できません。本人申告が原則です。

● 副業禁止にすれば安全?

全面禁止はガイドライン上NGです。

● 割増賃金は誰が払う?

現行整理では、各雇用先がそれぞれの労働時間を基に支払う方向です。


まとめ


副業時代の労働時間管理は、「通算管理」と「割増賃金の分離計算」という前提で設計する必要があります。

企業が整えるべきは、

  • 副業の事前申告
  • 月次の労働時間申告
  • 記録の保存
  • シフトと健康配慮の調整

副業はもはや例外ではありません。禁止ではなく、管理する
これが2026年に向けた現実的な労務対応です。


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